Ondokuz Mayıs Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, 28.03.2020 tarih ve 31082 sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren 27.03.2020 tarih ve 2319 Karar Sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile kurulmuştur. İlgili Karar hükmüyle, 26 Şubat 2010 tarih ve 27505 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Bakanlar Kurulu’nun 01.02.2010 tarih ve 2010/103 sayılı kararıyla kurulan Eğitim Bilimleri Enstitüsü; 20 Temmuz 1982 tarih ve 17769 Sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren 41 sayılı Yüksek Öğretim Kurumları Teşkilatı hakkında Kanun Hükmünde Kararnamenin 27. maddesine göre kurulan Fen Bilimleri Enstitüsü; 03.07.1992 tarih ve 3837 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile kurulan Güzel Sanatlar Enstitüsü; 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanunu’nun 27/d maddesi uyarınca 1983 yılında kurulan Sağlık Bilimleri Enstitüsü ve 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu’nun 19. maddesi uyarınca 22.01.1985 tarihinde kurulan Sosyal Bilimler Enstitüsü kapatılmıştır.
Ondokuz Mayıs Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü 28.03.2020 tarihi itibarıyla, kapatılan enstitülerden aktarılan 92 doktora, 124 tezli yüksek lisans, 16 tezsiz yüksek lisans, 17 uzaktan eğitim programı ile eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır.